อุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน มีพื้นที่ประมาณ 15,520 ไร่ มีลักษณะภูมิประเทศเป็นเทือกเขาสูงสลับซับซ้อน ยอดดอยจี๋เป็นยอดเขาที่สูงที่สุด ซึ่งมีความสูงจากระดับน้ำทะเลประม